Năm 896, Đường Chiêu Tông mộ thêm tân binh cho cấm binh để giảm bớt áp lực của Lý Mậu Trinh và Hàn Kiến lên triều đình, giao các đội quân cho một số thân vương chỉ huy. Lý Mậu Trinh tuyên bố các thân vương có kế hoạch tiến công mình nên đã huy động binh sĩ tiến về Trường An. Đường Chiêu Tông cầu viện Lý Khắc Dụng, song lần này Lý Khắc Dụng không thể đáp ứng. Khi Lý Mậu Trinh đánh bại Đàm vương Lý Tự Chu (李嗣周) và tiến sát Trường An, Đường Chiêu Tông quyết định đem triều sĩ và các thân vương chạy khỏi kinh sư. Sau đó, Hàn Kiến đã vài lần dâng tấu mời Đường Chiêu Tông đến Trấn Quốc, lập luận rằng nếu Đường Chiêu Tông đến một nơi xa như Hà Đông thì sẽ không bao guờ còn có thể trở về Quan Trung nữa. Đường Chiêu Tông và thuộc hạ cũng do dự trước khoảng cách xa xôi khi đến Hà Đông và quyết định đến Trấn Quốc.[12]

Các Đồng bình chương sự triều đình khi đó là Vương Đoàn (王摶), Tôn Ác (孫偓), và Lục Ỷ) (陸扆) lo sợ Hàn Kiến và không dám quyết định chính sự. Trước tình thế này, Đường Chiêu Tông hạ chỉ yêu cầu Hàn Kiến tham gia vào việc đưa ra các quyết định, song do Hàn Kiến từ chối nên yêu cầu này bị bãi bỏ. Trong khi đó, Thôi Dận (崔胤) uất ức vì từng bị bãi chức theo yêu cầu của Hàn Kiến, vì thế đã cầu viện Chu Toàn Trung; Chu Toàn Trung làm ra vẻ sắp tiến công Hàn Kiến và viết thư cho Hàn Kiến để yêu cầu phục chức cho Thôi Dận, Hàn Kiến lo sợ nên đã chấp thuận.[12]

Đường Chiêu Tông sau đó ban chức Trung thư lệnh cho Hàn Kiến. Hoàng đế bổ nhiệm Tôn Ác là Phượng Tường tứ diện hành doanh đô thống, Hàn Kiến được bổ nhiệm là Kinh Triệu doãn kiêm bả tiệt sứ, chuẩn bị tiến công Lý Mậu Trinh. Tuy nhiên, Hàn Kiến không muốn Hoàng đế tiến công đồng minh của mình, và do Lý Mậu Trịnh trình tấu tạ lỗi, quân triều đình chưa từng chuyển sang thế tiến công.[12]

Trong khi đó, Hàn Kiến lo sợ các binh sĩ cấm binh do các vị thân vương chỉ huy, ông vu cáo họ âm mưu làm phản và còn cho quân lính bao vây hành cung của Đường Chiêu Tông, la hét yêu cầu Hoàng đế tước quyền chỉ huy của các thân vương. Do vậy, Đường Chiêu Tông buộc phải tước bỏ quyền chỉ huy của các thân vương và xử tử Phùng Nhật đô đầu Lý Quân (李筠). Sau đó, Hàn Kiến tiến hành quản thúc các thân vương tại gia, khiến Đường Chiêu Tông trên thực tế không còn binh lính để chỉ huy. Biết rằng Đường Chiêu Tông bất mãn với mình, Vương Kiến đã cố khiến Hoàng đế khuây khỏa bằng việc thúc giục Đường Chiêu Tông lập trưởng tử là Đức vương Lý Hựu làm hoàng thái tử. Đường Chiêu Tông chấp thuận và lập Lý Hựu làm hoàng thái tử (đổi tên thành Lý Dụ). Cũng trong khoảng thời gian này, Hàn Kiến vu cáo hai cận thần của Đường Chiêu Tông là Thái tử chiêm sự Mã Đạo Ân (馬道殷) và Tương tác giám Hứa Nham Sĩ (許巖士) và hành quyết họ, sau đó lại cáo buộc Tôn Ác và Chu Phác (朱朴) câu kết với Mã Đạo Ân và Hứa Nham Sĩ, khiến hai người này bị bãi chức Đồng bình chương sự.[13]

Vào mùa hè năm 897, Đường Hy Tông bổ nhiệm Lý Tự Chu là Phượng Tường tiết độ sứ, song khi Lý Tự Chu tiến đến Phượng Tường, Lý Mậu Trinh từ chối giao lại quyền hành và bao vây Lý Tự Chu cùng binh lính. Chỉ sau khi Hàn Kiến viết thư cho Lý Mậu Trinh, Lý Mậu Trinh từ bỏ bao vây và cho Lý Tự Chu trở về Trấn Quốc, sau đó việc bổ nhiệm được rút lại.[13]

Sau khi Lý Tự Chu trở về Trấn Quốc, Lý Giới Phi (李戒丕) cũng từ Hà Đông trở về. Biết rằng Lý Khắc Dụng sẽ không can thiệp, Hàn Kiến đã yêu cầu giết chết Lý Tự Chu, Lý Giới Phi và các thân vương khác, cáo buộc họ âm mưu làm phản. Đường Chiêu Tông không làm theo đề nghị của Hàn Kiến, song Hàn Kiến và xu mật sứ Lưu Quý Thuật sau đó tự hành động và hành quyết Lý Tự Chu, Lý Giới Phi, và chín vị thân vương. Hàn Kiến gửi lời đe dọa cho Khuông Quốc tiết độ sứ Lý Kế Đường (李繼瑭)- con nuôi của Lý Mậu Trinh, Lý Kế Đường lo sợ và chạy về Phượng Tường, Hàn Kiến đoạt được Khuông Quốc. Đường Chiêu Tông do đó ban thêm cho Hàn Kiến chức Khuông Quốc tiết độ sứ.[13]

Chu Toàn Trung liên tục xin Đường Chiêu Tông hãy chuyển đến Lạc Dương, Lý Mậu Trinh và Hàn Kiến lo sợ rằng Chu Toàn Trung sẽ tiến công về phía tây nên đã quyết định tu sửa lại cung điện ở Trường An để đưa Đường Chiêu Tông về kinh sư. Họ cũng thiết lập hòa bình với Lý Khắc Dụng. Việc trùng tu cung điện hoàn tất vào mùa xuân năm 898, Hàn Kiến đích thân đến Trường An để xem xét. Vào mùa thu năm 898, Đường Chiêu Tông và triều đình trở về Trường An, Hàn Kiến ở lại Trấn Quốc. Đường Chiêu Tông ban cho Hàn Kiến chức Thái phó, đổi Hoa châu thành Hưng Dức phủ, cho Hàn Kiến làm phủ doãn.[13] Hoàng đế cũng tiến phong cho Hàn Kiến tước Hứa quốc công, lại ban cho thiết khoán- tức khế ước miễn tử.[1]